Virkavapauksia ovat kaikki tilanteet, joissa viranhaltijalle myönnetään määräajaksi vapautus virkansa tehtävistä muun syyn kuin vuosiloman, vapaa-ajan ja virantoimituksesta pidättämisen tai erottamisen vuoksi. Myös sairausloma on virkavapautta, jonka asianomainen viranhaltija tai toimielin myöntää lääkärintodistuksen perusteella.

Kirkkoherralla on KJ 6:12 mukainen oikeus myöntää alaiselleen papille enintään kuukauden pituiset virkavapaudet. Kirkkoherra pitää tekemistään virkavapauspäätöksistä päätösluetteloa ja saattaa tehdyt päätökset päätösluettelon otteella kirkko- tai seurakuntaneuvostolle tiedoksi. Tieto lähetetään päätösluettelon otteella tiedoksi myös tuomiokapitulille, mikäli virkavapauden kesto on vähintään yksi viikko.

Mikäli virkavapauden kokonaiskesto ylittää yhden kuukauden, tulee papinviran haltijan lähettää virkavapausanomus tuomiokapitulin päätettäväksi ja toimittaa kopio anomuksesta kirkko- tai seurakuntaneuvostolle tiedoksi. Mikäli papinviran haltija pyytää virkavapautta kahta kuukautta pitemmäksi ajaksi muun kuin sairauden tai raskauden ja synnytyksen vuoksi, hänen tulee liittää hakemukseensa kirkko- tai seurakuntaneuvoston lausunto.

Virkavapausanomus tulee tehdä ja toimittaa tiedoksi riittävän ajoissa. Perhevapaa-anomus tulee tehdä viimeistään kaksi kuukautta ennen vapaan aiottua alkamista.

Tuomiokapituliin ei tarvitse sairauslomien osalta lähettää tietoa kirkkoherran myöntämistä lyhyistä, kokonaiskestoltaan enintään yhden kuukauden pituisista virkavapauspäätöksistä. Tieto kirkkoherran myöntämästä papin virkavapaudesta on kuitenkin lähetettävä aina, mikäli viranhaltijalle määrätään sijainen. Tuomiokapituli ei tee sairauslomaan liittyviä virkaehtosopimuksen mukaisia palkkauspäätöksiä, vaan niiden tekeminen on seurakunnan tai seurakuntayhtymän viranomaisen tehtävä. Kokonaiskestoltaan yli kuukauden mittaiset sairauslomat myöntää tuomiokapituli lääkärintodistuksen perusteella. Henkilön terveydentilaan liittyvät tiedot ovat julkisuuslain 24 §:n 25 kohdan perusteella salaisia ja asiaa käsittelevien viranhaltijoiden ja luottamushenkilöiden vaitiolovelvollisuuden piiriin liittyviä tietoja.

Kirkkoherran virkavapauden myöntää aina tuomiokapituli.

Seurakuntayhtymän virkasäännön alaisen papin virkavapauksista ja sijaisuuksista päättää seurakuntayhtymän asianomainen viranomainen. Sellaisista seurakuntayhtymän papinviran haltijoiden virkavapauksista, jotka on merkittävä nimikirjaan, on ilmoitettava tuomiokapitulille.

Tuomiokapituli soveltaa kirkon nimikirjaohjeen lisäksi piispainkokouksen vuonna 1995 antamaa suositusta ja merkitsee nimikirjaan kaikki yli kuukauden kalenterivuodessa kestävät virkavapaudet ja työnteon keskeytykset. Näin ollen kirkkoherran tulee ilmoittaa tuomiokapituliin, mikäli papinviran haltijan virkavapaudet ja työnteon keskeytykset ylittävät kalenterivuodessa yli kuukauden. Muu virkavapaus tai työnteon keskeytys kuin sairausloma merkitään nimikirjaan silloin, kun viranhaltijalle ei täyden kalenterikuukauden aikana kerry 16 virantoimituspäivää.